Mikrobiologia
  • Przewód pokarmowy
  • Drogi moczowo-płciowe
  • Drogi oddechowe

 

  • Przewód pokarmowy

 

Diagnostyka biegunek i zatruć pokarmowych

Kiedy mówimy o biegunce?

U niemowląt do 2. roku życia karmionych sztucznie lub w sposób mieszany biegunkę należy rozpoznać, jeżeli niemowlę  oddaje w ciągu doby co najmniej 3 płynne lub półpłynne stolce lub przynajmniej 1 biegunkowy stolec zawierający krew, ropę i (lub) dużą ilość śluzu.

U dzieci i dorosłych (bez względu na wiek) biegunką określamy znamienne zwiększenie liczby wypróżnień w ciągu doby w porównaniu do poprzedniego okresu i (lub) zmian konsystencji stolca na płynną lub półpłynna; biegunkę należy także rozpoznać, gdy stolec o luźnej konsystencji zawiera krew, ropę lub dużą ilość śluzu.

Biegunka trwająca do 10 dni określana jest mianem ostrej, jeżeli utrzymuje się dużej niż 10–14 dni uznawana jest za przewleką.

 

Jakie są przyczyny ostrej biegunki?

Najczęstsza przyczyną ostrej biegunki – zarówno u dzieci, jak i u dorosłych – są zakażenia przewodu pokarmowego spowodowane przez wirusy (np. rotawirusy, norowirusy, astrowirusy, adenowirusy) i bakterie (np. Salmonella, Escherichia coli, Campylobacter jejuni, Shigella) oraz zatrucie egzotoksynami bakterii (np. Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens, Bacillus cereus); rzadziej choroba wynika z zarażenia pierwotniakami (np. Giardia lamblia, Cryptosporidium).


Jak diagnozuje się ostre biegunki?

Badania diagnostyczne biegunek i zakażeń układu pokarmowego powinny obejmować wiele czynników bakteryjnych i wirusowych, które mogą powodować biegunki i zakażenia pokarmowe..

Podstawowym elementem diagnostyki tych infekcji jest zebranie informacji o objawach i przebiegu choroby. Umożliwia ono podjęcie prawidłowych decyzji diagnostycznych.

Pracownia Mikrobiologii proponuje stosowanie zestawów kilku badań, tzw. paneli, których celem jest wykrycie jak najszerszego zakresu potencjalnych czynników etiologicznych biegunek i zatruć pokarmowych z uwzględnieniem wieku poacjenta oraz czynników ryzyka rozwoju biegunki (np.leczenie antybiotykami).

Jednoczesne wykonanie badań w różnych kierunkach na początku choroby umożliwia wykrycie czynnika etiologicznego. Badania przeprowadzane z opóźnieniem 1-2 dni w większości przypadków nie pozwolą ustalić przyczyny choroby („samooczyszczanie” przewodu pokarmowego z patogenów). Niestety, nie jest możliwe wykrycie wszystkich patogenów w jednym badaniu np.: posiewie ogólnym kału

U każdego dziecka w okresie od listopada do kwietnia możemy zaproponować badanie w kierunku Rota/Adenowirusów.

 

Badania, które można wykonać z próbek kału i wymazów z odbytu:
- posiew kału z ogólną oceną tlenowej flory jelitowej
- posiew w kierunku Salmonella, Shigella,
- posiew w kierunku Yersinia,
- posiew w kierunku Campylobacter,
- posiew w kierunku drożdżaków
- posiew w kierunku EHEC – Escherichia coli enterokrwotoczne O157:H7
- posiew w kierunku EPEC – Escherichia coli enteropatogenne
- antygen rotawirusów i adenowirusów
- antygen norowirusów
- antygen H. pylori w próbkach kału
- toksyny A i B Clostridium difficile w kale

 

  • Drogi moczowo-płciowe


Zakażenie dróg moczowo-płciowych

Jakie drobnoustroje wywołują zakażenia układu moczowego?

W warunkach prawidłowych układ moczowy jest jałowy z wyjątkiem końcowego odcinka cewki moczowej (około 2 cm). Pierwszy epizod zakażenia układu moczowego (ZUM) w ponad 90% przypadków wywołany jest przez Gram(-) pałeczki jelitowe, wśród których dominuje Escherichia coli (w niektórych krajach wyjątek stanowią młode kobiety w okresie dużej aktywności seksualnej, u których wzrasta do 20-30% częstość zakażeń wywołanych przez Staphylococcus saprophyticus).

Nawroty zakażeń wywołane są najczęściej (65-75%) przez E.coli.

W warunkach prawidłowych odczyn moczu jest lekko kwaśny (pH=5-6,5), w przypadku odczynu zasadowego (pH>7) należy brać pod uwagę obecność bakterii metabolizujących mocznik dzięki produkcji ureazy (Klebsiella, Proteeae). Nawracające zakażenia wywołane przez te drobnoustroje mogą prowadzić do kamicy układu moczowego.

W każdym przypadku obecności leukocytów w moczu i jednocześnie występowania objawów zakażenia układu moczowego oraz ujemnych wyników rutynowych badań mikrobiologicznych należy brać pod uwagę możliwość występowania zakażeń, które są wywołane przez drobnoustroje niewykrywalne w rutynowym posiewie. Są to np.: Gardnerella vaginalis, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Ureaplasma.

W niektórych przypadkach (szczególnie u pacjentów z pierwotnymi lub wtórnymi zaburzeniami odporności) należy brać pod uwagę udział wirusów, np. zapalenie cewki moczowej wywołane przez wirus Herpes simplex (HSV).

Przypadki wyhodowania z próbki moczu flory mieszanej, należy uznać za błąd przedlaboratoryjny (nieprawidłowe pobranie lub transport) i zalecić powtórzenie badania.

 

U kogo występują zakażenia układu moczowego - płciowego?

Bakteriomocz (bakteriuria) występuje co najmniej raz w życiu u około 10% populacji żeńskiej i około 1-2% populacji męskiej. ZUM (zakażenie układu moczowego) stanowi poważny problem kliniczny ze względu na poważne następstwa, jak niewydolność nerek, nadciśnienie tętnicze lub powikłania ciąży. Uważa się je za drugą, co do częstości przyczynę gorączki u niemowląt i małych dzieci.

Wśród noworodków i niemowląt ZUM dotyczy około 1-2% populacji. W okresie noworodkowym zakażenia występują częściej u chłopców niż u dziewczynek, od 2-3 miesiąca życia tendencja ta ulega odwróceniu i częstość zakażeń w populacji żeńskiej jest ponad 10-krotnie większa niż męskiej (drugi szczyt występowania ZUM u dziewczynek przypada na typowy okres nauki korzystania z toalety, czyli w 2-5 r.ż.). U młodszych dzieci ZUM często towarzyszy wadom wrodzonym układu moczowego (około 50% przypadków).

U kobiet w okresie aktywności seksualnej stosunki płciowe są istotnym czynnikiem ryzyka wprowadzenia drobnoustrojów do układu moczowego. W tym okresie zakażenia układu moczowego występują u 3-10% kobiet. U około 20-40% kobiet w okresie ciąży występuje co najmniej jeden epizod ZUM.

U osób w podeszłym wieku częstość zakażeń wzrasta (10% mężczyzn i 20% kobiet)  na co składają się współistniejące zaburzenia w odpływie moczu, menopauza (brak estrogenów prowadzi do zmian w pochwie, zmniejszenia liczby pałeczek kwasu mlekowego i zwiększenia kolonizacji przez pałeczki jelitowe), upośledzenie odporności w wyniku choroby podstawowej i/lub stosowanego leczenia, hospitalizacje, cewnikowanie pęcherza moczowego oraz zabiegi urologiczne i ginekologiczne. Po 60 r.ż. obserwuje się ponowny wzrost częstości zakażeń u mężczyzn ze względu na często występujący zastój moczu (przerost gruczołu krokowego).

  

Jak się diagnozuje zakażenia układu moczowo - płciowego? 

Diagnostyka zakażeń dróg moczowo-płciowych obejmuje szereg drobnoustrojów, których nie jesteśmy w stanie wykryć w rutynowym posiewie, każde badanie mikrobiologiczne jest ukierunkowane na jeden drobnoustrój lub grupę drobnoustrojów.

 

Zalecana diagnostyka u pacjentek z nawracającymi zakażeniami dróg rodnych obejmuje wielokierunkową diagnostykę, szczególnie przy pierwszym badaniu przed włączeniem antybiotykoterapii.

Badanie powinno obejmować:

- posiew z pochwy,

- posiew z kanału szyjki macicy,

- posiew z pochwy w kierunku drożdżaków,

- wymaz z kanału szyjki w kierunku Mycoplasma i Ureaplasma *

- wymaz z kanału szyjki w kierunku Chlamydia*

- posiew w kierunku beztlenowców z dróg rodnych 

*Należy pamiętać, że pobieranie materiału na te badania wymaga specjalnych zestawów.           

U kobiet ciężarnych pomiędzy 33 a 37 Hbd zgodnie z zaleceniami Polskiego Towarzystwa Ginekologii oraz CDC (Centers for Disease Control) proponujemy wykonywanie badanie w kierunku nosicielstwa Streptococcus agalactiae (GBS, StrepB).

W każdym przypadku podejrzenia zakażenia oraz u rutynowo u kobiet ciężarnych należy wykonać badanie mikroskopowe czystości pochwy.

W przypadku przewlekłych zakażeń – badanie mikroskopowe w kierunku BV.

Komplet badań może być pobrany w naszym Punkcie Pobrań przez przeszkoloną położną.

Zapalenie pochwy i szyjki macicy jest jedną z najczęstszych przyczyn zgłaszania się kobiet w wieku rozrodczym do ginekologa, a fakt utrzymywania prawidłowego ekosystemu pochwy w ciąży pozostaje problemem niedocenianym zarówno przez pacjentki, jak i leczących je lekarzy różnych specjalności.


Zalecana diagnostyka zakażeń dróg moczowo-płciowych u mężczyzn obejmuje:

- posiew nasienia

- posiew wymazu z cewki moczowej/spod napletka

- posiew ilościowy moczu

- posiew w kierunku Mycoplasma i Ureaplasma *

- wymaz z cewki moczowej w kierunku Chlamydia*

- posiew wymazu z cewki moczowej/spod napletka w kierunku drożdżaków

*Należy pamiętać, że pobieranie materiału na te badania wymaga specjalnych zestawów.

 

  • Drogi oddechowe


Zakażenia dróg oddechowych

W przypadku stanów zapalnych górnych i dolnych dróg oddechowych proces zapalny może toczyć się w obrębie gardła, zatok przynosowych, krtani, oskrzeli oraz płuc. Najczęściej zakażenia mają etiologię wirusową. Jednakże wiele zakażeń bakteryjnych może wystąpić po infekcji wirusowej. Pobranie odpowiedniego materiału o odpowiednim okresie choroby jest kluczowe dla postawienia rozpoznania i rozróżnienia pomiędzy etiologią wirusową a bakteryjną. Dlatego w większości przypadków powinno się wymagać od pacjenta zlecenia lekarskiego na badania. 

Zakażenie gardła i migdałków:

- Posiew wymazu w kierunku paciorkowców, ewentualnie posiew wymazu z gardła ogólny

- Streptococcus pyogenes - posiew ukierunkowany

- Posiew wymazu z gardła ogólny

Zapalenie zatok:

- aspirat pobrany drogą punkcji

Zapalenie oskrzeli:

- posiew plwociny

- u dzieci wskazane jest badanie na obecności wirusa RS

- u dorosłych badanie na obecność wirusa grypy 

Zapalenie płuc:

- diagnostyka powinna się odbywać tylko na zlecenie lekarza.

Diagnostyka zakażeń bakteriami atypowymi:
(Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae)

- informacji udzielają Punkty Pobrań oraz Pracownia Mikrobiologii.

 

2